Der Masterstudiengang „Medizinische Informatik“ hat eine Regelstudienzeit von 4 Semestern. Wie auch der Bachelorstudiengang ist er eine Kooperation der Hochschule Heilbronn und der Universität Heidelberg. Der Studiengang endet mit dem Abschluss „Master of Science“.
1. Semester
Das erste Semester ist das einzige, in dem Fächer fest vorgegeben sind. Es sind Forschung in der Biomedizinischen Informatik, Projektmanagement, Praktikum Biomedizinische Informatik und Medizin. Außerdem sind 15 ECTS frei aus dem Wahlkatalog wählbar. Dieser ist hier zu finden.
2. & 3. Semester
Das zweite und dritte Semester besteht nur aus Wahlfächern und kann von den Studierenden frei gestaltet werden. Dabei muss allerdings darauf geachtet werden, dass die gewählten Fächer mindestens ein 30 ECTS Profil abbilden.
4. Semester
Im vierten Semester ist nur die Masterarbeit vorgesehen. Die Masterarbeit muss innerhalb von 6 Monaten fertig werden, sie kann intern an der Hochschule oder bei einem externen Unternehmen geschrieben werden. Zuletzt muss die Masterarbeit noch in einem Kolloquium vorgestellt und verteidigt werden.